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Z50JZ（1978年）の誕生以降、カスタムパーツの隆盛に呼応してモンキーは人気を集め、同時にホンダでは限定モデルのリリースも盛んに行うようになった。当記事では、主な限定モデル・特別仕様車を20台紹介していく。
プライベートチューニングやカスタムでも人気を集めたキャブレター仕様のモンキーは、排出ガス規制のため惜しまれつつも2007年に生産終了。その間、愛らしい５Lタンクとシートが強調される車体フォルムを特徴に、特別色や専用デザインをあしらった限定モデルが登場した。
2009年にFIを採用してモンキーは復活するが、それまでと同様に限定モデルが折々に発売されていった。しかし、ユーロ４に準じた平成28年排出ガス規制が導入されるにあたり2017年に生産終了。最終モデル「モンキー・50周年スペシャル」をもって、50ccモンキーは多くの人々に愛されながらその幕を閉じた。
Z50JZ（1978年）以降、通称「5Lモンキー」のリミテッド＆スペシャル
初代モンキー・リミテッド（2モデル）／1979年
５Lモンキー登場の翌1979年、シリーズ初の限定版で２モデルが登場。左はシルバーメッキにゴールドストライプをあしらったタンク、サイドカバー、フレーム、ライトケースまで銀メッキの特別仕様Z50JZ-1L。スタンダードと同じ自動遠心クラッチ３速搭載で、価格は13万円。
右はメッキタンクにウイングマーク、ホワイトシートが特徴のZ50JZ-ⅡL。性能は同じだが、ゴリラと同様のマニュアルクラッチ＋４速を採用し、価格は13万8000円。なお、1982年にはメッキタンクや専用シートを装備し、販売エリア限定の「モンキー・東京リミテッド」なども発売された。
モンキー・ゴールドメッキ仕様／1984年
1984年に5000台限定販売されたゴールド仕様は、3.1ps仕様の新エンジン搭載でトランスミッションはマニュアルクラッチ付きの４速。タンク、前後フェンダー、ハンドル、ヘッドライトケース、メーター、マフラーガードやシートピンに至るまでゴールドメッキを施し、価格は13万9000円。
同車登場の翌1985年、スタンダードのモンキーも3.1ps仕様エンジン＋マニュアルクラッチ付き４速となった。
モンキー・ホワイトスペシャル／1988年
1988年発売の特別仕様車、モンキー・ホワイトスペシャル。パールミルキーホワイトの車体色で、スペシャルシートやクロームメッキ仕上げの外観パーツを多用。価格は12万5000円。
なお、同様の特別仕様車は兄弟車のゴリラでも13万1000円で発売された。スタンダードのモンキー・ゴリラも含めシリーズ合計１万台の販売計画だった。
モンキー・ブラックスペシャル／1990年
1990年１月発売のモンキー・ブラックスペシャル。通称「ブラックモンキー」は外装のほか、エンジンやホイール、ハブまでもブラック仕上げに統一。価格は13万2000円だが販売台数はかなり少なく、一部の大手ウイング店（当時）でしか取り扱われなかったという。
モンキー・リミテッド（ゴールドメッキ仕様）／1996年
1996年１月発売のリミテッドは、ゴールドメッキ仕様の第２弾で限定5000台発売。燃料タンクや前後フェンダー、ハンドルパイプ、ヘッドライトケース、マフラープロテクターなど車体各部にゴールドメッキを実施。シート、燃料タンクエンブレムなども同車専用品で、価格はスタンダード（18万9000円）よりかなり高価な23万9000円。
モンキー・SP（30周年記念車）／1997年
1997年２月発売のモンキーSPは、誕生から30周年の記念車として登場し、1967年の初代「モンキーZ50M」のカラーリングをイメージしたホワイトの燃料タンクにレッドのフレーム、チェック柄のシートを採用。タンクエンブレムはウイングマーク付き。価格は19万9000円で5000台の販売計画。
モンキー・スペシャル（2000年スペシャルモデル）／2000年
西暦2000年ミレニアムイヤー記念の新春スペシャルとして登場。第二世代モンキーZ50Zをイメージした上下ツートーン色のタンクが特徴で、専用タンクマーク、サイドカバーロゴステッカーを採用。トップブリッジとエキパイカバーはクロームメッキ仕上げで、シートも専用の意匠。限定3000台発売で19万9000円。
モンキー・スペシャル（FTRカラー）／2001年
2001年１月発売のモンキー・スペシャルは、当時若者層に人気を博した軽二輪スポーツのFTRをイメージしたトリコロールカラーを採用し、フレームとスイングアームはレッドの塗色。価格は19万9000円で、モンキー・ゴリラシリーズ合計で１万4000台の販売計画。
モンキー・スペシャル（CB1100Rカラー）／2002年
2002年１月発売のモンキー・スペシャルは、1981年発売の輸出向けスーパースポーツCB1100Rをイメージしたカラーリングで、フレームとシート、前フェンダーリヤサスをレッドに塗装し、ホイールはゴールドに。3000台限定販売で、価格は19万9000円。
モンキー・スペシャル（CB750Fourカラー）／2002年
2002年11月発売のスペシャルは、ドリームCB750Fourのイメージカラーをまとった仕様。トップブリッジと前後フェンダーにメッキパーツを採用し、ホイールはシルバー、シートにはシルバーのパイピングを採用。価格は19万9000円でシリーズ合計6000台の販売計画。
モンキー・スペシャル（CBX400Fカラー）／2003年
往年のホンダ名車のカラーイメージをまとったスペシャルモンキーが続く中、2003年12月発売のスペシャルは人気名車CBX400F（1981年）のツートンカラーイメージを採用。サイドカバーにはスペシャルロゴステッカーがあしらわれる。シリーズ合計7200台の販売計画で、19万9000円。
モンキー・スペシャル（CB750Fスペンサーカラー）／2004年
2004年12月発売のスペシャルは、1982年AMAデイトナ100マイルレースでフレディー・スペンサーが駆り、優勝したCB750Fのカラーをイメージした特別色。青のストライプ入りのシルバータンク、各部を黒塗装とし、赤／黒塗装のリアサスペンションを採用。またタンク上面のステッカーとキーには、フレディー・スペンサーのサインがあしらわれている。限定2500台で価格は21万円。
モンキー・リミテッド／2006年
2006年２月発売のモンキー・リミテッド。期間限定受注のスペシャルモデルで、予約期間は同年１月６日から２月10日に設定。燃料タンクや前後フェンダーなど車体各部をクロームメッキとし、タンク左右にメッキの立体エンブレムを採用。ツートーンシートも専用装備。3000台の販売計画で、価格は26万2500円。
モンキー・40周年スペシャル／2006年
2006年12月発売のモンキー・40周年スペシャル。2006年12月15日から2007年１月14日までの期間限定受注車で、初代Z50Mをモチーフにチェック柄の専用シートを採用。燃料タンクはブラック、フレームと前後ホイールはレッドとした特別色仕様。40周年記念ロゴを燃料タンクほか各部に採用し、ヘッドライトケース、エキパイカバーなどは質感の高いメッキ仕上げ。2500台限定で価格は21万5250円。これでキャブレター仕様モンキーの限定モデルは最終となった。
モンキーは2009年にFI採用でフルモデルチェンジ！ その後も限定車＆スペシャルは続々登場1
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